ArcObjectsではFeatureの選択はすべてのレイヤをレイヤを串刺しに選択されてしまう。
特定のレイヤだけを選択の対象とするには、選択対象以外のレイヤを選択不可にする。

[code]
for(int i = 0; i < cnt ; i++)
{
ILayer curLayer = axMapControl1.get_Layer(i);
if(curLayer.Name == "ポリゴン")
{
if (curLayer is IFeatureLayer)
{
featureLayer = (IFeatureLayer)curLayer;
featureLayer.Selectable = false;
break;
}

}

}
[/code]